En un Japón futurista, la joven Motoko Kusanagi, también conocida como 'the Major' Mira Killian, es la líder de grupo operativo de élite, Sección 9, cuyo objetivo es luchar contra el ciber-terrorismo y los crímenes tecnológicos. Al mando de esta unidad de operaciones encubiertas está Aramaki y destaca Batou, un ex-militar considerado como uno de los agentes más salvajes del grupo. Pero, después de un peligrosa misión, el cuerpo de Kusanagi queda dañado, siendo sometida a una operación quirúrgica para trasplantar su cerebro en un cuerpo robótico. Este nuevo cuerpo artificial le permitirá ser capaz de realizar hazañas sobrehumanas especialmente requeridas para su trabajo.

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